Nasce a Pesaro nel 1390 da Malatesta IV (detto Malatesta dei Sonetti) ed Elisabetta da Varano. Fratello di Cleofe e di Paola Malatesti, nel 1404 è arcidiacono bolognese e nel 1407 governatore dell'Abbazia di Pomposa. Nel 1415 è presente al Concilio di Costanza e, ancora, nel 1417, nel conclave in cui viene eletto papa Martino V. Lo troviamo ad amministrare loco episcopi la diocesi di Brescia fra il 1413 e il 1418.

Quindi, all'epoca dell'importantissimo Concilio, fa la spola fra Brescia e Costanza, insieme a Carlo Malatesta. Gaspare Broglio lo descrive come "dottissimo in scienza" e "grande religioso di bona vita". Lo troviamo poi in Normandia, come vescovo di Coutances, fino al 1424. Successivamente è arcivescovo di Patrasso, territorio veneziano, ma nel 1430 è costretto a fuggire dai Bizantini, spostandosi a Pesaro dove risulta vicario in temporalibus (insieme ai suoi fratelli Galeazzo e Carlo).

Muore a Pesaro il 21 aprile 1441. [Montanari Antonio, Cleofe Malatesti - una sposa per Bisanzio (1421), pp. 10-11, e Falcioni Anna, Dizionario Biografico degli Italiani, volume 68, 2007, on line su treccani.it]. Secondo Elisabetta Conti muore nel 1437 [Conti Elisabetta, in Atti giornata di studi malatestiani di Brescia 2, Bruno Ghigi Editore, Rimini, 1989, pag. 144, citando Bonfiglio-Dosio Giorgetta, Pandolfo Malatesta vescovo di Brescia, in Rivista di storia della Chiesa in Italia, XXVIII, n. 2].

Il sigillo di Pandolfo Malatesta vescovo di Brescia, poi arcivescovo di Patrasso.