Nasce a Rimini il 2 gennaio 1370, da Galeotto I e da Gentile di Rodolfo di Varano da Camerino. Suo padre è presente nel bresciano nel 1373, vittorioso a Montichiari contro Bernabò Visconti. Galeotto I muore il 21 (o 22) gennaio del 1385 a Cesena, ma viene sepolto in San Francesco a Rimini, nel sepolcro degli antenati (poi Tempio Malatestiano). Appena quindicenne, Pandolfo diventa signore di Rimini. Nell'ottobre 1388 sposa, con dispensa papale, sua cugina Paola Bianca Malatesta, vedova di Sinibaldo Ordelaffi. Nel 1397 papa Bonifacio IX lo nomina Vicario Papale e Comandante Supremo delle Armi della Chiesa. Nello stesso anno si mette al servizio del Duca di Milano Gian Galeazzo Visconti. Nel 1398 la moglie si ammala gravemente e muore a Fano, dove è sepolta in San Francesco.

Nel 1399, colpito da crisi religiosa, con la galea di Nicolò Muazzo da lui abbellita, si reca in pellegrinaggio a Gerusalemme, dove il Gran Maestro d'Inghilterra lo nomina Cavaliere del Santo Sepolcro [Bonfiglio-Dosio Giorgetta e Falcioni Anna, in La Signoria di Pandolfo III Malatesti a Brescia, Bergamo e Lecco, Bruno Ghigi Editore, Rimini, 2000, a pag. 381 indicano però come data il 1395]. Nell'ottobre 1401 è vittorioso, con Facino Cane e i condottieri di San Giorgio, nell'imboscata di Nave (BS) contro le truppe dell'imperatore Roberto di Baviera che assediavano Brescia [Piano Pierluigi, Facino Cane, pag. 6, in carignanoturismo.it, ma anche in Bonfiglio-Dosio Giorgetta e Falcioni Anna, La Signoria di Pandolfo III Malatesti a Brescia, Bergamo e Lecco, Bruno Ghigi Editore, Rimini, 2000, pag. 383].

Nel 1402 Gian Galeazzo Visconti diventa Signore di Bologna e nomina Pandolfo Governatore della città. Il 3 settembre 1402 muore Gian Galeazzo. Pandolfo è presente al funerale, a Milano, vestito di nero, piangendo fortissimamente e partecipa alla lettura del testamento [ibidem, pag. 384]. La vedova, Caterina, per governare il ducato di Milano, nomina un Consiglio di Reggenza di cui fanno parte anche Pandolfo (che è anche comandante delle armi ducali) e suo fratello Carlo. Verso la fine del 1402 la prima città a organizzare moti indipendentisti è Brescia, con a capo Pietro Gambara. La ribellione viene soffocata da Pandolfo e Facino Cane. Durante la repressione Pandolfo avvia trattative con i Martinengo per ottenere in concessione la città. Ancora, il 26 gennaio 1404, si fa aiutare dai Martinengo per trovare il favore dei Guelfi di Brescia, ma senza esito.

Il 19 aprile 1404 è Caterina Visconti a concedergli la città: "diamo impegno al magnifico figlio nostro carissimo Pandolfo dei Malatesti…". L'accordo prevede che Pandolfo rimanga in Brescia a riscuotere tributi, fino al raggiungimento di una quantità di "paghe a lui dovute". Con la resa delle ultime resistenze, Pandolfo entra a Brescia il primo maggio 1404, festeggiato dai suoi sostenitori a Porta San Giovanni [Odorici Federico, Storie bresciane dai primi tempi sino all'età nostra, Vol. VII, Editore Gilberti, Brescia, 1857, pag. 279]. Da quel giorno, tradendo i patti con Caterina, instaura una vera e propria signoria, comprendendo nel suo dominio progressivamente tutta la provincia. Nel 1408 acquista anche Bergamo, da Giovanni Ruggero Suardi, mentre nel 1410 si ha la massima estensione territoriale della Signoria, che arriva a comprendere Lecco e zone limitrofe [ibidem, pag. 477].

Nel 1411 nasce da una sua amante, Allegra de Mori, il primogenito Galeotto Roberto, presto affidato alle cure di Carlo Malatesta ed Elisabetta Gonzaga. Dal gennaio 1412 combatte, insieme al fratello Carlo, per Venezia, contro gli Ungari di Re Sigismondo. La doppia vittoria gli varrà l'inserimento nella lista delle famiglie della nobiltà veneziana, una pensione annua e una casa sul Canal Grande, Ca' Lioni in contrada San Stae [ibidem, pag. 200] e poi Ca' Vittori in Santo Stefano [Chittolini-Conti-Covini (eds.), Nell'età di Pandolfo Malatesta - signore a Brescia, Bergamo e Fano agli inizi del Quattrocento, Morcelliana, Brescia, 2012, p. 62]. Gli viene offerto anche di diventare Duca di Creta, ma rifiuta.

Nel 1417 arriva il secondo figlio, Sigismondo Pandolfo, dall'unione con Antonia da Barignano, anch'essa amante mai sposata, mentre la moglie si chiamava Ansovina ed era dei Varano [Zonghi Aurelio, Repertorio dell'archivio comunale di Fano, pag. 22 e pag. 87, Tipografia Sonciniana, Fano, 1888]. Infine, nel 1418, dalla stessa Antonia nasce il terzo ed ultimo figlio, Domenico Novello. La vita a corte è sfarzosa e mira a competere con le maggiori dell'epoca, come Milano e Venezia, o Mantova e Ferrara. Oltre a grandi artisti (buffoni, musicisti, orafi, pittori…), Pandolfo chiama a Brescia ammaestratori di orsi e di elefanti, il che sottintende la presenza dei suddetti animali [Chittolini-Conti-Covini (eds.), Nell'età di Pandolfo Malatesta, Signore a Bergamo, Brescia e Fano agli inizi del Quattrocento, Editrice Morcelliana, Brescia, 2012, p. 110].

Il 4 settembre 1419 il Duca di Milano Filippo Maria Visconti, figlio di Caterina, fa avviare una trattativa per la restituzione di Brescia, che Pandolfo rifiuta. Tra l'altro, papa Martino V, in favore di Pandolfo, emana un lodo, ratificato il 30 gennaio 1419, che lo indica come Signore di Brescia vita natural durante [Massimo Zaggia in Chittolini-Conti-Covini, op. cit., pag. 111]. Nell'estate dello stesso anno Bergamo gli viene tolta. L'8 ottobre 1420 una cruenta battaglia nella campagna fra Carpenedolo e Montichiari vede sconfitte le truppe di Pandolfo (muoiono 3000 cavalieri e 1000 fanti), nonostante i rinforzi mandati da Carlo e dal cugino Malatesta di Pesaro. Il 24 febbraio 1421 Filippo Maria riesce ad ottenere con Venezia una tregua decennale e l'impegno a non intervenire in faccende di Pandolfo. Il Carmagnola viene mandato a riconquistare le terre bresciane. Solo Val Trompia e Val Sabbia inizialmente resistono. Pandolfo, isolato e assediato, è costretto a cedere. Esce dalla città, dopo aver ricevuto 34000 fiorini d'oro d'indennizzo, cantando la sua sconfitta in francese.

Tra i fatti d'arme, la cronaca dell'Odorici ci riporta un episodio di quei giorni, quando il Carmagnola, giunto sotto le mura di Brescia con trecento cavalli, presso Porta San Giovanni, viene colpito al collo da una freccia scagliata con la balestra da un arciere detto Il Peloso, e costretto a far ritorno a Milano, cedendo momentaneamente il comando a Gasparino Visconti [Odorici Federico, Storie bresciane dai primi tempi sino all'età nostra, Vol. VII, Editore Gilberti, Brescia, 1857, pag. 306]. Il 21 marzo 1421 si conclude la signoria di Brescia con l'ingresso del Carmagnola. Per l'Odorici era il 16 marzo [ibidem, pag. 310]. Rientrato in Romagna, Pandolfo affida i figli e Antonia al fratello Carlo, a Rimini, mentre lui si posiziona principalmente a Fano e a Cesena (dove governa dopo la morte del fratello Malatesta). Nel 1422 è dichiarato capitano generale della Chiesa e, nel 1423 anche di Firenze [Montanari A., Cleofe, una sposa per Bisanzio, in note a p 19]. Fra varie vicende, battaglie e sconfitte, che lo vedono ancora dividersi fra la Romagna e la Lombardia, il 12 giugno 1426 sposa in terze nozze la giovane Anna Margherita di Francesco Guidi di Poppi.

A settembre parte a piedi da Rimini per un pellegrinaggio verso Loreto, dove pregare per la propria salute. Giunto a Fano si ferma esausto per la malattia. Muore fra le braccia del predicatore francescano fra Girolamo della Marca (il 4 o 10 ottobre) e viene sepolto in San Francesco a Fano, accanto alla prima moglie Paola Bianca. [gran parte delle notizie biografiche sono state tratte da: Tabanelli Mario, Pandolfo III Malatesta, Zanetti Editore, Brescia, 1978]

I ritratti, veri o presunti, di Pandolfo III Malatesta: sigillo dei Civici Musei di Brescia, moneta Mezzo Grosso

e sigillo ritrovato da Gabriele Medolago e Piero Galli nel 2018, restaurato da Romeo Seccamani.